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Johannes Söding
Forschungsgruppenleiter
Telefon:+49 551 201-2890

Johannes Söding

  Quantitative Biologie und Bioinformatik

Unsere Forschungsgruppe arbeitet auf zwei Gebieten. Erstens entwickeln wir computerbasierte statistische Methoden für die Vorhersage der Struktur und Funktion von Proteinen aus ihren Aminosäure-Sequenzen. Unser Softwarepaket HH-suite zur hochempfindlichen Sequenzsuche und der HHpred-Webserver sind Standardwerkzeuge in ihrem Feld geworden. Für Anwendungen wie die Metagenomik, wo wegen der explosionsartig wachsenden Datenmengen höchste Suchgeschwindigkeiten erforderlich sind, entwickeln wir das Softwarepaket MMseqs. Unser Ziel ist es dabei, im Vergleich zu populären Werkzeugen wie BLAST und PSI-BLAST eine hundert- bis tausendfach höhere Geschwindigkeit bei gleicher Empfindlichkeit zu erreichen. 
 
Zweitens erforschen wir den wichtigsten zellularen Regulationsmechanismus: die Transkriptionsregulation. Wir möchten verstehen, wie transkriptionelle Programme in den regulatorischen Regionen des Genoms kodiert sind und wie Enhancerregionen spezifisch und zielgenau ihre Zielgene oft über mehrere dazwischen liegende Gene hinweg aktivieren. Zu diesem Zweck entwickeln wir statistische Methoden und Software für die Analyse regulatorischer Sequenzen. In Kollaboration mit der Abteilung für Molekularbiologie untersuchen wir die Transkription und RNA-Prozessierung mithilfe von Hochdurchsatzexperimenten aus der funktionalen Genomik.

 
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