Publikationen von V. Gapsys

Zeitschriftenartikel (29)

21.
Zeitschriftenartikel
Rauscher, S.; Gapsys, V.; Gajda, M. J.; Zweckstetter, M.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins depend strongly on force field: A comparison to experiment. Journal of Chemical Theory and Computation 11 (11), S. 5513 - 5524 (2015)
22.
Zeitschriftenartikel
Gapsys, V.; Narayanan, R. L.; Xiang, S.; de Groot, B. L.; Zweckstetter, M.: Improved validation of IDP ensembles by one-bond Cα-Hα scalar couplings. Journal of Biomolecular NMR 63 (3), S. 299 - 307 (2015)
23.
Zeitschriftenartikel
Gapsys, V.; Michielssens, S.; Seeliger, D.; de Groot, B. L.: Pmx: Automated protein structure and topology generation for alchemical perturbations. Journal of Computational Chemistry 36 (5), S. 348 - 354 (2015)
24.
Zeitschriftenartikel
Xiang, S. Q.; Gapsys, V.; Kim, H. Y.; Bessonov, S.; Hsiao, H. H.; Möhlmann, S.; Klaukien, V.; Ficner, R.; Becker, S.; Urlaub, H. et al.; Lührmann, R.; de Groot, B.; Zweckstetter, M.: Phosphorylation drives a dynamic switch in serine/arginine-rich proteins. Structure 21 (12), S. 2162 - 2174 (2013)
25.
Zeitschriftenartikel
Gapsys, V.; de Groot, B. L.; Briones, R.: Computational analysis of local membrane properties. Journal of Computer-Aided Molecular Design 27 (10), S. 845 - 858 (2013)
26.
Zeitschriftenartikel
Gapsys, V.; de Groot, B. L.: Optimal superpositioning of flexible molecule ensemble. Biophysical Journal 104 (1), S. 196 - 207 (2013)
27.
Zeitschriftenartikel
Matthes, D.; Gapsys, V.; de Groot, B. L.: Driving forces and structural determinants of steric zipper peptide oligomer formation elucidated by atomistic simulations. Journal of Molecular Biology 421 (2-3), S. 390 - 416 (2012)
28.
Zeitschriftenartikel
Gapsys, V.; Seeliger, D.; de Groot, B. L.: New soft-core potential function for molecular dynamics based alchemical free energy calculations. Journal of Chemical Theory and Computation 8 (7), S. 2373 - 2382 (2012)
29.
Zeitschriftenartikel
Matthes, D.; Gapsys, V.; Daebel, V.; de Groot, B. L.: Mapping the conformational dynamics and pathways of spontaneous steric zipper peptide oligomerization. Plos One 6 (5), e19129 (2011)

Buchkapitel (2)

30.
Buchkapitel
Aldeghi, M.; de Groot, B. L.; Gapsys, V.: Accurate calculation of free energy changes upon amino acid mutation. In: Computational Methods in Protein Evolution, S. 19 - 47 (Hg. Sikosek, T.). Springer Nature, New York (2019)
31.
Buchkapitel
Gapsys, V.; Michielssens, S.; Peters, J. H.; de Groot, B.; Leonov, H.: Calculation of binding free energies. In: Molecular Modeling of Proteins, S. 173 - 209 (Hg. Kukol, A.). Humana Pr.; Springer, New York, N.Y. (2015)

Konferenzbeitrag (6)

32.
Konferenzbeitrag
Gapsys, V.; de Groot, B.: A unified framework for alchemical mutations in proteins, DNA and ligands. 62nd Annual Meeting of the Biophysical-Society, San Francisco, CA, 17. Februar 2018 - 21. Februar 2018. Biophysical Journal 114 (3, Suppl. 1), S. 674a - 674a (2018)
33.
Konferenzbeitrag
Gapsys, V.; Michielssens, S.; Seeliger, D.; de Groot, B. L.: Insights from the first Principles based large scale protein thermostability calculations. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 368A - 368A (2016)
34.
Konferenzbeitrag
Rauscher, S.; Gapsys, V.; Zhou, M.; Van, Q.; Gajda, M. J.; Zweckstetter, M.; Enderlein, J.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins depend strongly on force field: A comparison to experiment. 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los Angeles, CA, 27. Februar 2016 - 02. März 2016. Biophysical Journal 110 (Suppl 1), 3 Aufl., S. 358A - 358A (2016)
35.
Konferenzbeitrag
Rauscher, S.; Gapsys, V.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.; H: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins using molecular dynamics simulation. Biophysical Journal 108 (Supplement 1), S. 14A - 14A (2015)
36.
Konferenzbeitrag
Gapsys, V.; de Groot, B.: Computational thrombin inhibitor optimization. 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, San Francisco, CA, 15. Februar 2014 - 19. Februar 2014. Biophysical Journal 106 (Suppl. 1), 2 Aufl., S. 262a - 263a (2014)
37.
Konferenzbeitrag
Rauscher, S.; Gapsys, V.; Volkhardt, A.; Blau, C.; de Groot, B. L.; Grubmüller, H.: Structural ensembles of intrinsically disordered proteins depend strongly on force field. 58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, San Francisco, CA, 15. Februar 2014 - 19. Februar 2014. Biophysical Journal 106 (2, Suppl. 1), S. 271a (2014)

Hochschulschrift - Doktorarbeit (1)

38.
Hochschulschrift - Doktorarbeit
Gapsys, V.: Free energy calculations for protein-ligand comlexes and intrinsically disordered peptides and their aggregates. Dissertation, Georg-August-Universität, Göttingen (2013)
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